El dirigente abandonó la Alianza al notar el desgaste que estaba sufriendo el gobierno. Fue de una de las mechas de la crisis económica y de gobernabilidad que hubo un año después
El 6 de octubre de 2000, Chacho Álvarez comunicaba al Frepaso y a Fernando de la Rúa la renuncia a la vicepresidencia de la Nación. El dirigente no rompió la sociedad de la Alianza ya que su fuerza política siguió en el gobierno y él mismo intentó volver cuando la crisis económica proyectaba lo peor y Domingo Cavallo regresó al poder para tratar de desarmar su receta económica convertida en bomba de tiempo, pero no pudo y explotó a fines del 2001.
El desastre había arrancado con las denuncias sobre un soborno a senadores del PJ para aprobar la reforma laboral. Muchos años después, la causa quedó en la nada. Pero entonces alcanzó para poner en marcha un escándalo que fracturó la primera línea de gobierno. Chacho Álvarez dejó en el camino a uno de los principales operadores de su sector, Alberto Flamarique, ministro de Trabajo.
Chacho Álvarez arrastraba incomodidad desde antes del episodio del Senado. Influyeron en su visión de aquel momento los comentarios y presunciones de Antonio Cafiero, su principal referencia cuando pasada la dictadura, caminaba algunas veredas de la renovación peronista. Mantenía parte del núcleo político con el que había compartido el Grupo de los Ocho, liderado por Germán Abdala en oposición al menemismo.
La renuncia a la vicepresidencia fue finalmente en solitario, tras haber notado el desgaste que estaba sufriendo el gobierno. Si bien fue una salida de alto impacto, él se iba pero su gente seguía en el gobierno para no dinamitar la Alianza. Sin embargo, la coalición de gobierno estaba condenada. La mecha había sido encendida con una crisis de gobernabilidad más crisis económica, lo que anticipaba el colapso.
Después del caos, Chacho Álvarez se replegó políticamente. Volvió a la actividad académica y ocupó algunos destinos diplomáticos con las gestiones kirchneristas.